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PCR技術(shù)總結(jié)

PCR技術(shù)總結(jié) | 時(shí)間: December-16 12:59:50 | 分類(lèi):技術(shù)欄目

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PCR技術(shù)簡(jiǎn)史
  PCR的較早設(shè)想 核酸研究已有100多年的歷史,本世紀(jì)60年代末、70年代初人們致力于研究基因的體外分離技術(shù),Korana1971年較早提出核酸體外擴(kuò)增的設(shè)想:經(jīng)過(guò)DNA變性,與合適的引物雜交,用DNA聚合酶延伸引物,并不斷重復(fù)該過(guò)程便可克隆tRNA基因
  PCR的實(shí)現(xiàn) 1985年美國(guó)PE-Cetus公司人類(lèi)遺傳研究室的Mullis 等發(fā)明了具有劃時(shí)代意義的聚合酶鏈反應(yīng)。其原理類(lèi)似于DNA的體內(nèi)復(fù)制,只是在試管中給DNA的體外合成提供以致一種合適的條件---摸板DNA ,寡核苷酸引物,DNA聚合酶,合適的緩沖體系,DNA變性、復(fù)性及延伸的溫度與時(shí)間。
  PCR的改進(jìn)與完善 Mullis較初使用的DNA聚合酶是大腸桿菌 DNA 聚合酶 I Klenow片段,其缺點(diǎn)是:Klenow酶不耐高溫, 90會(huì)變性失活,每次循環(huán)都要重新加。引物鏈延伸反應(yīng)在37下進(jìn)行,容易發(fā)生模板和引物之間的堿基錯(cuò)配,其PCR產(chǎn)物特異性較差,合成的DNA片段不均一。此種以Klenow酶催化的PCR技術(shù)雖較傳統(tǒng)的基因擴(kuò)增具備許多突出的優(yōu)點(diǎn),但由于Klenow酶不耐熱,在DNA模板進(jìn)行熱變性時(shí),會(huì)導(dǎo)致此酶鈍化,每加入一次酶只能完成一個(gè)擴(kuò)增反應(yīng)周期,給PCR技術(shù)操作程序添了不少困難。這使得PCR技術(shù)在一段時(shí)間內(nèi)沒(méi)能引起生物醫(yī)學(xué)界的足夠重視。
  1988年初,Keohanog改用T4 DNA聚合酶進(jìn)行PCR,其擴(kuò)增的DNA片段很均一,真實(shí)性也較高,只有所期望的一種DNA片段。但每循環(huán)一次,仍需加入新酶。
  1988Saiki 等從溫泉中分離的一株水生嗜熱桿菌(thermus aquaticus) 中提取到一
種耐熱DNA聚合酶。 此酶具有以下特點(diǎn):耐高溫,在70下反應(yīng)2h后其殘留活性大于原來(lái)的90%,在93下反應(yīng)2h后其殘留活性是原來(lái)的60%,在95下反應(yīng)2h后其殘留活性是原來(lái)的40%在熱變性時(shí)不會(huì)被鈍化,不必在每次擴(kuò)增反應(yīng)后再加新酶。大大提高了擴(kuò)增片段特異性和擴(kuò)增效率,增加了擴(kuò)增長(zhǎng)度(2.0Kb)。由于提高了擴(kuò)增的特異性和效率,因而其靈敏性也大大提高。為與大腸桿菌多聚酶I Klenow片段區(qū)別,將此酶命名為Taq DNA多聚酶(Taq DNA Polymerase)。此酶的發(fā)現(xiàn)使PCR廣泛的被應(yīng)用。
PCR
技術(shù)的基本原理
  PCR技術(shù)的基本原理 類(lèi)似于DNA的天然復(fù)制過(guò)程,其特異性依賴(lài)于與靶序列兩端互補(bǔ)的寡核苷酸引物。PCR由變性--退火--延伸三個(gè)基本反應(yīng)步驟構(gòu)成:
  模板DNA的變性:模板DNA經(jīng)加熱至93左右一定時(shí)間后,使模板DNA雙鏈或經(jīng)PCR擴(kuò)增形成的雙鏈DNA解離,使之成為單鏈,以便它與引物結(jié)合,為下輪反應(yīng)作準(zhǔn)備;
  模板DNA與引物的退火(復(fù)性):模板DNA經(jīng)加熱變性成單鏈后,溫度降至55左右,引物與模板DNA單鏈的互補(bǔ)序列配對(duì)結(jié)合;
  引物的延伸:DNA模板--引物結(jié)合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP為反應(yīng)原料,靶序列為模板,按堿基配對(duì)與半保留復(fù)制原理,合成一條新的與模板DNA 鏈互補(bǔ)的半保留復(fù)制鏈重復(fù)循環(huán)變性--退火--延伸三過(guò)程,就可獲得更多的半保留復(fù)制鏈,而且這種新鏈又可成為下次循環(huán)的模板。每完成一個(gè)循環(huán)需24分鐘, 23小時(shí)就能將待擴(kuò)目的基因擴(kuò)增放大幾百萬(wàn)倍。(Plateau) 到達(dá)平臺(tái)期所需循環(huán)次數(shù)取決于樣品中模板的拷貝。
  PCR的反應(yīng)動(dòng)力學(xué)  PCR的三個(gè)反應(yīng)步驟反復(fù)進(jìn)行,使DNA擴(kuò)增量呈指數(shù)上升。反應(yīng)較終的DNA 擴(kuò)增量可用Y(1X)n計(jì)算。Y代表DNA片段擴(kuò)增后的拷貝數(shù),X表示平(Y)均每次的擴(kuò)增效率,n代表循環(huán)次數(shù)。平均擴(kuò)增效率的理論值為100%,但在實(shí)際反應(yīng)中平均效率達(dá)不到理論值。 反應(yīng)初期,靶序列DNA片段的增加呈指數(shù)形式,隨著PCR產(chǎn)物的逐漸積累,被擴(kuò)增的DNA 片段不再呈指數(shù)增加,而進(jìn)入線性增長(zhǎng)期或靜止期, 即出現(xiàn)停滯效應(yīng)這種效應(yīng)稱(chēng)平臺(tái)期數(shù)、PCR 擴(kuò)增效率及DNA聚合酶PCR的種類(lèi)和活性及非特異性產(chǎn)物的竟?fàn)幍纫蛩亍4蠖鄶?shù)情況下,平臺(tái)期的到來(lái)是不可避免的。
  PCR擴(kuò)增產(chǎn)物  可分為長(zhǎng)產(chǎn)物片段和短產(chǎn)物片段兩部分。短產(chǎn)物片段的長(zhǎng)度嚴(yán)格地限定在兩個(gè)引物鏈5'端之間,是需要擴(kuò)增的特定片段。短產(chǎn)物片段和長(zhǎng)產(chǎn)物片段是由于引物所結(jié)合的模板不一樣而形成的,以一個(gè)原始模板為例,在第一個(gè)反應(yīng)周期中, 以?xún)蓷l互補(bǔ)的DNA為模板,引物是從3'端開(kāi)始延伸, 5'端是固定的,3' 端則沒(méi)有固定的止點(diǎn),長(zhǎng)短不一,這就是長(zhǎng)產(chǎn)物片段。進(jìn)入第二周期后,引物除與原始模板結(jié)合外,還要同新合成的鏈(長(zhǎng)產(chǎn)物片段”)結(jié)合。引物在與新鏈結(jié)時(shí), 由于新鏈模板的5'端序列是固定的, 這就等于這次延伸的片段3'端被固定了止點(diǎn), 保證了新片段的起點(diǎn)和止點(diǎn)都限定于引物擴(kuò)增序列以?xún)?nèi)、形成長(zhǎng)短一致的短產(chǎn)物片段。不難看出短產(chǎn)物片段是按指數(shù)倍數(shù)增加, 長(zhǎng)產(chǎn)物片段則以算術(shù)倍數(shù)增加, 幾乎可以忽略不計(jì), 這使得PCR的反應(yīng)產(chǎn)物不需要再純化,就能保證足夠純DNA片段供分析與檢測(cè)用。

 

 

 

本文標(biāo)題: PCR技術(shù)總結(jié) | Tags:PCR技術(shù)總結(jié)

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