尋找差異表達的基因有不少方法，抑制消減雜交（SSH）是比較有效的一種方法。以Clontech的PCR-Select cDNA Subtraction Kit為例：將樣品（tester）和對照（driver）的mRNA分別反轉錄并合成為雙鏈cDNA后進行酶消化；樣品（tester）分為兩組，分別加上不同的adaptor1/2；再將兩組樣品（tester）分別與過量的對照（driver）雜交，兩份雜交結果混合，加入過量的對照再進行第二輪雜交；補齊adaptor然后用PCR選擇性擴增。由于過量的對照封閉了在樣品中共同表達的基因，而在樣品中特異表達的基因會被選擇性地擴增出來，這些擴增的片斷經過克隆、測序后可以進行拼接或者用RACE的方法從已知片斷釣全長cDNA，再做進一步的分析。

    但是這一系列的操作并不簡單，且得到的結果是一些基因片斷，還需要進行下一步的拼接或RACE才能得到完整的基因信息，現在介紹一種簡化的消減雜交的技術：以Miltenyi Biotec公司的μMACS mRNA Isolation Kit為例，在純化對照（driver）mRNA時先將組織裂解，加入耦聯了Oligo dT的磁珠懸液，混勻并立即加入放在磁場中的磁式分離柱中，磁珠上的Oligo dT有效吸附mRNA并懸浮在磁場中，其它雜質隨溶液流出。加入新鮮的wash buffer反復淋洗干凈掛上mRNA的磁珠后，不用洗脫液洗脫mRNA，而是利用磁珠上的Oligo dT作為RT引物直接進行反轉錄反應，再用Elution buffer洗脫mRNA，得到耦聯在磁珠上的對照單鏈cDNA庫。這時將樣品（tester）的mRNA加入磁珠中，共同表達的基因對應的mRNA被磁珠上的cDNA吸附留在磁場中而特異表達的mRNA不被吸附隨溶液流出柱外，這部分溶液反復過柱后得到的就是差異表達的mRNA。其它的mRNA分離試劑也可有類似的用法，只是本文介紹的方法由于得到的mRNA純度高、完整且濃度高體積小，又是層析柱式的逐級淋洗使cDNA與mRNA吸附得更充分，所以假陽性較少。

    這種方法得到的是全長的mRNA，可以直接得到全長的cDNA而無需拼接DNA片斷，且操作也較為簡單。至于效率或假陽性率則因人而異了。